یکی از ایراداتی که همواره منادیان حقوق بشر و حقوق کودکان به قوانین ایران می گرفته اند سن مسئولیت کیفری بوده که در قانون جدید اصلاحاتی در این زمینه صورت گرفته است. سن مسئوليت كيفري اطفال را بايد يكي از چالش برانگيزترين مباحث حقوقي مربوط به حقوق كودك در ايران دانست؛ از يك سو با توجه به حاكميت مقررات و قواعد شرعي بر قوانين موضوعه و تبعيت قانونگذار ايراني از نظريه مشهور فقهاي شيعه در تدوين و تصويب قوانين موضوعه، تعيين سن خاصي به عنوان سن بلوغ شرعي، مبناي شناسايي سن مسئوليت كيفري براي اطفال بزهكار شده است و از سوي ديگر الحاق ايران به برخی كنوانسيون ها و ميثاق هاي مختلف بين المللي و لزوم عدم تعارض قوانين داخلي با مقررات مندرج در اين كنوانسيون ها مسائلی به وجود آورده که قانونگذار ضروری دید در این مورد تغییراتی ایجاد نماید.

مسئولیت کیفری اطفال در تمام دنیا تقریباً از لحاظ سنی به ویژه سن مسئولیت مطلق کیفری، یک حد مشخص و مشابه دارد. مطابق کنوانسیون حقوق کودک سن مسئولیت کیفری 18 سال است. بررسی های پزشکی و روانشناسی نیز تأئید کرده اند که اطفال از سن ۱۷ تا ۱۹ سالگی به تعادل جسمی و عقلی می رسند و بر همین اساس سن مسئولیت کیفری این چنین تعیین شده است.

در معاهده حقوق کودک، سن طفل، زیر 18 سال تعیین شده؛ ولی چون منوط به حقوق داخلی کشورها در این زمینه شده است، بنابراین باید معیارهای مناسب ملی در نظر گرفته شود و منافع اطفال نیز لحاظ گردد. به این منظور در نظام های حقوقی که مفهوم سن مسئولیت کیفری را برای نوجوانان پذیرفته اند، شروع آن سن نباید در سطح بسیار پایین باشد و واقعیت های مربوط به بلوغ عاطفی، ذهنی و عقلی باید مدنظر قرار گیرد. باید توجه داشت که ماده یک معاهده حقوق کودک سن طفل را به طور کلی بیان نموده و در این زمینه بین وضعیت حقوقی و کیفری اطفال تفاوت قائل نشده است.

بنابراین به نظر می ‌رسد تعیین سن 9 سال برای مسئولیت كیفری دختران و 15 سال برای پسران در ایران، آن گونه كه برخی وانمود می ‌كنند؛ چندان هم در مقایسه با قوانین كشورهای دنیا، بی‌ سابقه به نظر نمی ‌رسد، اگرچه كمتر كشوری مانند ایران در خصوص مسئولیت كیفری میان پسران و دختران تفاوتی قائل شده است.

قانون مجازات جدید ضمن آنکه همچون گذشته سن مسئولیت کیفری را برای دختران ۹ سال تمام قمری قرار داده، تلاش کرده، با تفکیک مسئولیت کیفری اطفال در حدود و قصاص و تعزیرات تا حدودی مشکلات را کاهش دهد. بدین جهت در این قانون نظامی دوگانه برای مسئولیت کیفری پذیرفته شده است؛ یعنی در حالی که در جرایم تعزیری سن مسئولیت کیفری ۱۸ سال شمسی تعیین و قائل به پذیرش مـسئولیت کیفری تدریجی شده است، اما در جرایم حدود و قصاص، سن ۹ و ۱۵ سال قمری را ملاک قرار داده و‌‌ همان مسئولیت را برای دختران ۹ سال قمری به بالا قائل است. 

بنابراین تغییر مهمی که در این قانون روی داده، این است که با تصویب این لایحه و اجرای آن، چنانچه در کمال عقل و رشد افراد زیر 18 سال شبهه ای ایجاد شود، حدود و قصاص برای آنها اجرا نمی شود. همچنین بر اساس این مصوبه، مجازات های تعزیری برای افراد زیر 18 سال با افراد بالای 18 سال متفاوت خواهد بود. همچنین دیگر افراد زیر 18 سال به زندان محکوم نشده و به مراکز تربیتی همچون کانون اصلاح و تربیت منتقل می شوند.

پس براساس قانون مجازات جدید، قانونگذار تلاش کرده‌ است با ملاک قرار دادن «رشد عقلی» علاوه بر میزان سن، راهکاری عملی در اختیار دادگاه و قاضی قرار دهد تا برای کودکان از صدور مجازات ‌های حدی چون قصاص خودداری کند و بر اساس ماده ۹۰ این قانون «در جرایم موجب حد یا قصاص هرگاه افراد بالغ کمتر از هجده سال، ماهیت جرم انجام شده یا حرمت آن را درک نکنند یا در رشد و کمال عقل آنان شبهه وجود داشته باشد، حسب مورد با توجه به سن آنها به مجازات ‌های پیش‌ بینی شده در این فصل محکوم خواهند شد.»

البته شورای نگهبان در ماده 93 این قانون نیز اصلاحاتی انجام داده و طبق آن دست قاضی را برای تعویق یا تعلیق مجازات های تعزیری نوجوانان باز گذاشته است. این ماده قانونی بدین شرح است: «دادگاه می تواند در مورد تمام جرایم تعزیری ارتکابی توسط نوجوانان، صدور حکم را به تعویق اندازد یا اجرای مجازات را معلق نماید.»